Ulu Öndər Bakıya rus ordusunun yeridilməsi ilə bağlı SSRİ rəhbərliyinin qərarını kəskin tənqid edərək, rəsmi açıqlamanı tələb etdi: “Azərbaycana kənardan böyük ordu kontingenti yeridilmişdir. Respublikada neçə ordu birləşməsinin olduğu mənə yaxşı bəllidir. Azərbaycanda kifayət qədər - 4-cü ordu, Xəzər Hərbi Dəniz Donanması, desant qoşunlarının diviziyası, Hava Hücumundan Müdafiə Qoşunları, DİN-in daxili qoşun birləşmələri vardır. Oraya əlavə qoşun yeritmək nəyə lazım idi? Əgər belə zərurət var idisə, orada yerləşən hərbi hissələrdən də istifadə etmək olardı. Belə qərar qəbul edən Azərbaycan rəhbərliyi, hamıdan əvvəl isə Azərbaycanı qoyub qaçmış Vəzirov, öz xalqı qarşısında məsuliyyət daşımalıdır”. 1990-cı il yanvarın 21-də Sovet rejiminin qadağalarına rəğmən, həyatını təhlükə qarşısında qoyaraq Azərbaycanın Moskvadakı Daimi Nümayəndəliyinə gələn Ulu Öndər Heydər Əliyev qanlı faciənin təşkilatçılarını dünya ictimaiyyəti qarşısında ittiham etdi. Cəsarətli bəyanat verərək əliyalın xalqın qırılmasını hüquqa, demokratiyaya, humanizmə zidd, Moskvanın və respublika rəhbərlərinin günahı üzündən yol verilmiş kobud siyasi səhv kimi ifşa etdi. Ümummilli Liderin təşəbbüsü ilə Naxçıvan Muxtar Respublikasının Ali Məclisi 20 Yanvar faciəsinə ilk siyasi qiymət verən 21 noyabr 1990-cı il tarixli qərar qəbul etdi. Ulu Öndərin təşəbbüsü və göstərişləri ilə 1994-cü ilin mart ayının 29-da Milli Məclis “1990-cı il yanvarın 20-də Bakıda törədilmiş faciəli hadisələr haqqında” Qərar qəbul etdi. Ümummilli Lider dövrün mürəkkəbliyinə rəğmən, 20 Yanvar faciəsinin başvermə səbəbləri və günahkarların araşdırılması ilə də məşğul oldu və bunun nəticəsində həqiqətlər üzə çıxdı. Ulu Öndər Heydər Əliyevin Fərmanı ilə 1998-ci ildə “20 Yanvar Şəhidi” fəxri adı təsis edilib. Ulu Öndər Heydər Əliyevin yolunu uğurla davam etdirən Prezident İlham Əliyev də şəhidlərin xatirəsinin uca tutulmasına, şəhid ailələrinin sosial məsələlərinin həll olunmasına xüsusi diqqət ayırır. Prezident İlham Əliyevin təşəbbüsləri sayəsində 20 Yanvar hadisələri ilə əlaqədar əlilliyi olan şəxslər və şəhid ailələri üçün effektiv sosial müdafiə sistemi formalaşıb. Dövlət Başçısının 19 yanvar 2006-cı il tarixli “20 Yanvar şəhidinin ailəsi üçün Azərbaycan Respublikası Prezidentinin təqaüdünün təsis edilməsi haqqında” Fərmanına əsasən, şəhid ailələrinə dövlət qayğısını artırmaq məqsədilə təqaüd verilir (hal-hazırda bu məbləğ 500 manat təşkil edir). Onların uyuduğu Şəhidlər Xiyabanında təmir və yenidənqurma işləri ilə yanaşı, Bakının Yasamal rayonundakı “20 Yanvar” dairəsində, Həsən bəy Zərdabi və Müzəffər Həsənov küçələrinin kəsişməsində Qanlı Yanvar şəhidlərinin xatirəsinə memorial abidə kompleksi ucaldılmışdır.
“Azərbaycan bu mübariz oğul və qızlarının şücaətini daim yüksək qiymətləndirir, onların ruhuna ehtiram göstərir, xatirəsini hər zaman uca tutur” – Azərbaycan Respublikasının Prezidenti İlham Əliyev. Hər il yanvarın 20-də saat 12:00-da Azərbaycanın bütün ərazisində 20 Yanvar şəhidlərinin xatirəsi bir dəqiqəlik sükutla yad olunur, gəmilərdən, avtomobillərdən və qatarlardan səs siqnalları verilir, hüzn əlaməti olaraq dövlət bayraqları endirilir. Xalqın mübarizəsini, tökülən qanı siyasi niyyətləri üçün alətə çevirən Azərbaycan Xalq Cəbhəsinin başında duranların iç üzü açılmağa başlamışdı. Belə ki, 20 Yanvar hadisələrinə siyasi qiymət verilməsi tələbi ilə dəfələrlə çıxış edən Azərbaycan Xalq Cəbhəsi hakimiyyətə gəldikdən sonra bu mövzunu unutdu. Onlar hakimiyyətdə olduğu dövrdə faciəyə siyasi qiymət vermək üçün öz imkanlarından istifadə etmədilər. Təhlükələrdən çəkinməyərək Sovet hakimiyyətinin “20 Yanvar” əməlinə etiraz edən Ümummilli Lider Heydər Əliyev Azərbaycan xalqının başına gətirilən qanlı faciənin ilk siyasi-hüquqi qiymətini verdi. “Mən bu faciəyə həmişə ürəkdən yanaraq həm də vətəndaşlıq borcumu yerinə yetirməyə çalışmışam və bu gün də həmin mövqedəyəm, sabah da həmin mövqedə olacağam. Birinci növbədə, ədalət naminə, eyni zamanda, Azərbaycan xalqının namusunu, şərəfini, milli mənliyini qorumaq naminə.” Azərbaycan SSR Ali Soveti Rəyasət heyətinin sədri Elmira Qafarova, Azərbaycan Kommunist Partiyası Bakı Şəhər Komitəsinin birinci katibi Müslüm Məmmədov sovet imperiyasının qoşun hissələrinin Bakı şəhərinə yeridilməsi ilə əlaqədar heç bir konkret tədbir görmədiklərinə və vətəndaşların təhlükəsizliyini təmin etmədiklərinə görə yüksək vəzifəli şəxslər kimi öz üzərlərinə düşən məsuliyyətin öhdəsindən gəlməmişlər.