Azərbaycan Xalq Cümhuriyyətinin üçrəngli Dövlət bayrağı 1990-cı il noyabrın 17-də Naxçıvan Muxtar Respublikası Ali Məclisinin sədri, xalqımızın Ümummilli Lideri Heydər Əliyevin təşəbbüsü və rəhbərliyi ilə keçirilən sessiyada Naxçıvan Muxtar Respublikasının dövlət bayrağı olaraq təsdiq edilmişdir. Naxçıvan Muxtar Respublikasının Ali Məclisi Azərbaycan SSR Ali Soveti qarşısında üçrəngli bayrağın Azərbaycanın rəsmi dövlət rəmzi kimi tanınması haqqında vəsatət qaldırmışdır. Hərbi uğursuzluqlarla üzləşdiyini və daha irəliləyə bilmədiyini görən təcavüzkar Ermənistanın rəhbərliyi 1994-cü ilin mayında danışıqlar masası arxasında oturmağa, cəbhə bölgəsində atəşkəsi nəzərdə tutan Bişkek protokolunu 1994-cü il mayın 8-də imzalamağa məcbur oldu. Protokol mayın 12-də qüvvəyə mindi və cəbhə xəttində aktiv hərbi əməliyyatlar həmin gündən dayandırıldı. Atəşkəsin əldə olunması Azərbaycanın iqtisadi inkişafının təmin edilməsi və ordu quruculuğu prosesinin uğurla aparılması baxımından mühüm bir mərhələ oldu. “Əsrin müqaviləsi” 1994-cü ilin sentyabr ayının 20-də Azərbaycanın Dövlət Neft Şirkəti ilə 6 ölkənin 10 şirkəti arasında bağlanmışdır. “Əsrin müqaviləsi” həm karbohidrogen ehtiyatlarının miqdarına, həm də qoyulan sərmayələrin həcminə görə dünyada bağlanan ən iri sazişlər siyahısına daxil olmuşdur. “Əsrin müqaviləsi” Azərbaycanın dünya iqtisadi sistemindəki yerini müəyyənləşdirmişdir. Həmin müqavilə daha sonra 19 ölkənin 41 neft şirkəti ilə 26 müqavilənin imzalanmasına yol açmışdır. Ulu Öndər Heydər Əliyev demişdi: “Əsrin müqaviləsi ilə qoyduğumuz təməl XXI əsrdə Azərbaycan xalqının inkişafı, firavan həyatı, müstəqil Azərbaycan dövlətinin suverenliyinin daha da möhkəmlənməsi üçün gözəl imkanlar yaradır və inanıram ki, XXI əsr müstəqil Azərbaycan dövləti üçün ən xoşbəxt dövr olacaqdır.” 2001-2002-ci illər ərzində Ulu Öndər imzaladığı üç fərmana əsasən, qaçqın və məcburi köçkünlərin sosial-məişət vəziyyətinin yaxşılaşdırılması və onların məskunlaşma, məşğulluq problemlərinin həlli üçün Dövlət Neft Fondundan 359 milyard manat vəsait ayrılmış və bunun müqabilində 18 qəsəbə salınmış, 6076 mənzil tikilmiş, yüzlərlə zəruri infrastruktur obyektləri inşa edilmişdir. 1993-2003-cü illər arasında qaçqın və məcburi köçkünlərin sosial problemlərinin həllinə yönəldilən vəsaitin həcmi 90 dəfə, yemək xərcləri üçün müavinət 60 dəfə, kommunal xidmət xərcləri üçün kompensasiya 120 dəfə artırılmışdır.
Heydər Əliyevin ən böyük gücü dərin, universal biliyində, qətiyyətində, işgüzarlığında, hökmündə, qeyri-adi yaddaşında, tükənməz səbrində, müsahibini təmkinlə dinləmək bacarığında, uzaqgörənliyində, qarşısına qoyduğu məsələni həyata keçirmək qabiliyyətində, müdrikliyində, siyasətçi keyfiyyətlərində, mahir diplomat olmasında, həmsöhbətinə təsir etmək gücünə malik olmasında idi. Dünya tarixi sübut etmişdir ki, şəxsiyyətlərin gücü, ağlı, cəsarəti, siyasi iradəsi və müdrikliyi mənsub olduğu xalqın, onun yaratdığı dövlətin həyatında əvəzedilməz rola malikdir. Milli liderliklə siyasi liderlik keyfiyyətlərinin bir dövlət adamında birləşməsi bəşər tarixində nadir rast gəlinən unikal haldır. Bu şəxsiyyətlər arasında müasir müstəqil Azərbaycan dövlətinin memarı və qurucusu, Ulu Öndər Heydər Əliyevin özünəməxsus yeri vardır. Ulu Öndər fəaliyyət göstərdiyi bütün sahələrdə özünü məhz birinci şəxs kimi, lider kimi təsdiq etmişdir. Azərbaycan xalqının Ümummilli Lideri yüksək bəşəri keyfiyyətlərə, təvazökarlığa, hər şeydən öncə isə demokratik dövlət quruculuğu prinsiplərinə daim sadiq qalan böyük şəxsiyyət idi. Onun xalq işinə sədaqəti, siyasi müdrikliyi, böyük dövlətçilik təcrübəsi, parlaq hafizəsi, geniş dünyagörüşü, polad iradəsi, mərdanə qətiyyəti, həssas qəlbi, möhkəm səbri, çox hövsələliyi, ədalətli olması, həmişə obyektiv mövqe tutması, yüksək intellekti və ziyalı mövqeyi, dolğun tədbirliliyi və analitik təfəkkürü, sadə davranışı bir dövlət başçısı kimi onun ən yüksək keyfiyyətlərdəndir. Heydər Əliyev idarəetmənin ustadı və siyasətin kamil bilicisi idi. Ulu Öndər deyirdi ki, reallığı düzgün qiymətləndirən, keçmiş təcrübədən yaradıcılıqla istifadə edən, sosial-siyasi və iqtisadi problemlərin bütün spektrini, mürəkkəbliyini nəzərə alan, qəbul olunan qərarların mümkün nəticəsini irəlicədən görməyə imkan verən siyasi xətt hökmən uğur qazanmalıdır. Belə siyasət cəmiyyətin sabitliyinə, irəliyə doğru hərəkətinə və tərəqqisinə xidmət edir. Ulu Öndər dəfələrlə Azərbaycan torpaqlarının Ermənistan tərəfindən işğal olunması faktını beynəlxalq təşkilatların siyasi gündəliyinə gətirmişdir və bu səbəbdən Heydər Əliyev hər zaman dünya erməniliyinin hədəfində olub. Azərbaycan-Ermənistan münaqişəsi ilə bağlı tarixi həqiqətlərin beynəlxalq ictimaiyyətin diqqətinə çatdırılmasında Ulu Öndər misilsiz səylər göstərmişdir.